Dưới thời Việt Nam Cộng hòa, địa bàn phường Phú Thọ hiện nay thuộc xã Phú Cường, quận Châu Thành, tỉnh Bình Dương.

Sau năm 1975, xã Phú Cường được chia thành ba đơn vị hành chính là phường Phú Cường, phường Chánh Nghĩa và xã Phú Thọ.

Ngày 28 tháng 5 năm 1997, Chính phủ ban hành Nghị định 54-CP[1]. Theo đó, thành lập phường Phú Thọ trên cơ sở toàn bộ diện tích và dân số của xã Phú Thọ.

Sau khi thành lập, phường Phú Thọ có 504 ha diện tích tự nhiên và 10.163 người.

Ngày 10 tháng 12 năm 2003, Chính phủ ban hành Nghị định số 156/2003/NĐ-CP[4]. Theo đó, điều chỉnh 24 ha diện tích tự nhiên và 1.211 người của phường Phú Thọ về phường Phú Hòa quản lý.

Sau khi điều chỉnh, phường Phú Thọ còn lại 526 ha diện tích tự nhiên và 13.833 người.

Ngày 9 tháng 6 năm 2008, Chính phủ ban hành Nghị định số 73/2008/NĐ-CP[5]. Theo đó, điều chỉnh 35,4 ha diện tích tự nhiên và 2.381 người của phường Phú Thọ về phường Chánh Nghĩa quản lý.

Sau khi điều chỉnh, phường Phú Thọ còn lại 475,04 ha diện tích tự nhiên và 19.681 người.